In het evangelie volgens Johannes staat de persoon van Jezus centraal, vooral in de proloog en in de hoofdstukken 13-17, maar ook elders. Jezus is het Woord, het licht, de enige Zoon, de profeet, de van God gekomen leraar, de Heer, het brood, de deur, de goede herder, de weg, de waarheid en het leven. Belangrijke kenmerkende motieven in Johannes zijn de tegenstelling tussen God en wereld en tussen licht en duisternis, en het gebod tot liefde. Anders dan Matteüs, Marcus en Lucas, die veel nadruk leggen op Jezus’ prediking van Gods rijk, benadrukt Johannes Jezus’ nauwe band met de Vader: Jezus is in spreken en handelen één met God. Bovendien laat Johannes de redding of de veroordeling van de mens direct afhangen van zijn reactie in de ontmoeting met Jezus: wie gelooft is gered en heeft eeuwig leven, wie Jezus afwijst is veroordeeld.
Een opvallend aspect van het Johannes-evangelie is dat in sommige passages Joden tamelijk negatief afgeschilderd worden. Sommigen stellen dat deze passages in het bijzonder betrekking hebben op Joodse leiders. Anderen zien ze als een weerspiegeling van de verslechterde verhouding tussen Joden en christenen aan het eind van de eerste eeuw. Weer anderen onderstrepen dat discussies tussen ‘de Joden’ en Jezus in het evangelie vaak verwijzen naar discussies tussen verschillende groepen christenen in de tijd waarin het evangelie ontstond.