De protestanten maakten onderscheid tussen canonieke en apocriefe boeken en kenden alleen aan de canonieke boeken een goddelijk gezag toe. De rooms–katholieke kerk echter bevestigde de gelijkwaardige status van de apocriefe boeken nog eens op het concilie van Trente in 1546. Zij noemde deze boeken deuterocanoniek. Het woord deutero betekent niet tweederangs, maar in tweede instantie. Terwijl de Hebreeuwse boeken in eerste instantie canoniek waren, gold een reeks boeken uit de langere Griekse canon als in tweede instantie canoniek. Maar, niet alle extra boeken uit de Septuaginta werden als deuterocanoniek bestempeld. Enkele boeken vielen af, en gelden voor de katholieke kerk als apocrief. Dit betrof onder meer de boeken 3 en 4 Makkabeeën en het Gebed van Manasse.