Na de reformatie beperkten de protestantse kerken de canon van het Oude Testament tot de Hebreeuwse boeken. De overige boeken, die alleen in de Griekse Bijbel voorkwamen, zag men als lezenswaardig maar zonder goddelijk gezag. De onfeilbare goddelijke waarheid was daarin volgens hen niet te vinden. In zijn beroemde bijbelvertaling in het Duits, nam Luther de apocriefe boeken wel op, maar plaatste ze apart. Ze kwamen na de canonieke boeken, met de waarschuwing dat ze geen heilige status hadden. In later eeuwen werden de apocriefe boeken vaak weggelaten in bijbeluitgaven, hetzij om principiële redenen, hetzij om de kosten te drukken. In de Confessio Belgica (de Nederlandse Geloofsbelijdenis) van Guido de Brès in 1561 staan de canonieke boeken van het Nieuwe Testament opgesomd in artikel 4.